机构设置
| （一）机关内设机构 |
| 1、办公室 |
| 2、人事处（党群工作处） |
| 3、规划计划财务处 |
| 4、保护协调处 |
| 5、监督管理处 |
| 6、科技信息处 |
| （二）派出机构 |
| 1、365808.com上海局 |
| 2、365808.com丹江口局 |
| （三）事业单位 |
| 1、长江水资源保护科学研究所 |
| 2、长江流域水环境监测中心 |
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